非接触超声波DNA打断仪XM-26A:梯度优化15分钟获得200-300bp ChIP适用片段

非接触超声波DNA打断仪XM-26A 梯度优化,15分钟获得200-300bp ChIP适用片段

在ChIP(染色质免疫共沉淀)实验及二代测序文库构建中,基因组DNA能否被剪切至合适的片段区间,直接影响后续富集效率与实验重复性。传统探头式超声在直接接触样品的过程中,容易出现产热过高、交叉污染、片段分布不均等问题。非接触式超声波DNA打断技术隔着离心管传导能量,样品全程密闭,为珍贵样本和多样本平行处理提供了更稳定的前处理方案。本文分享XM-26A非接触DNA打断仪在医科大学的实测过程与结果。

小美超声XM-26A非接触DNA打断仪

客户实验档案:

1.客户信息:生命科学学院

2.使用仪器:非接触DNA打断仪 XM-26A

3.样本类型:细胞基因组DNA溶液

4.样本量与浓度:300μL/管,共4管

5.实验用途:ChIP(染色质免疫共沉淀)实验样本前处理

实验目的:

对细胞基因组DNA进行片段化打断,获得适合ChIP实验的基因组DNA片段,并通过设置不同超声总时长梯度,对比筛选最优打断程序参数。

实验方案与步骤:

1.仪器启动与低温准备:打开主机及配套冷水机,设置冷水机温度。待温度稳定后再上样,保证超声全程处于低温环境。

2.样品准备与配平:取EP管,加入DNA溶液,共准备4支装有样品的EP管(包括课题组的其他样品),分别放入仪器适配器,并完成配平。

3.超声程序设置:设置超声工作时间与间隔时间,分别设置4组总时长,比较不同处理时间下的DNA片段化效果。

4.电泳检测与结果分析:程序运行结束后取出样品,采用琼脂糖凝胶电泳检测基因组DNA片段化结果,为后续筛选合适的超声处理条件提供依据。

实验结果:

琼脂糖凝胶电泳检测显示:随着超声总时长增加,大片段基因组DNA逐步被剪切。对比四个梯度后,15分钟程序条件下打断效果最佳,DNA片段大部分集中在200-300bp区间,条带分布集中,无明显大片段残留,该片段范围可满足ChIP实验对染色质片段长度的要求。

不同超声时长梯度基因组 DNA 琼脂糖凝胶电泳结果

15分钟的效果最佳,大部分在200-300bp之间

非接触超声DNA打断仪的核心应用优势

1.真正非接触,杜绝交叉污染:超声能量隔着离心管传导,样品全程密闭,无探头直接接触,避免探头磨损掉渣与气溶胶交叉污染,适合珍贵样本及多样本平行处理。

2.低温等温处理,保护核酸完整:配套冷水机循环控温,及时带走超声产热,避免DNA受热降解,有利于保护蛋白与核酸复合物。

3.参数可编程,片段可控可复现:工作时间、间隔时间、总时长均可自由设置,便于针对不同样本浓度与类型摸索最优程序。标准化参数设置有助于提高批次间重复性,降低人为操作误差。

4.多样本并行处理,提升实验效率:适配器可同时放置多支样品管,一次运行完成多组梯度对比,减少重复上机操作,让实验流程更高效。

实验操作注意事项

1.选用TPX材质EP管:管身材质直接影响超声能量传导与打断效果,普通塑料管会削弱超声能量,建议使用专用TPX离心管。

2.首次实验建议跟随指导老师操作:便于及时发现参数设置与操作环节的问题;若结果不理想,也更容易分析具体原因。

应用领域

本文为客户实测应用案例,供各位科研老师参考。如需仪器选型或实验方案咨询,欢迎后台留言交流。我们持续分享真实客户实验案例与实操经验,助力科研样品前处理高效开展。

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