大肠杆菌蛋白的表达会涉及到蛋白的可溶性，对于疏水性蛋白来说后期的处理还是比较麻烦的。因为蛋白过完Ni柱之后涉及到咪唑的处理，现在传统的工艺就是透析或者加疏水柱，但是透析容易出现蛋白凝集，产生大量沉淀，损失量高，导致目标蛋白的产量降低，蛋白活性低，耗时时间长；而加疏水柱后期洗脱会加入大量的氯化钠，高盐对于后期实验有影响，所以这两种方法对于有些疏水性强的蛋白来说很不合适。
更重要的是，目前均采用单标签的方式，而像GST标签等均为蛋白类物质，因此体系中同时会存在相应标签的游离的杂蛋白，导致除去困难或无法除去等，致使蛋白质纯度降低，且后处理工艺复杂。
此外，对于大肠杆菌破碎而言，传统的大肠杆菌破碎工艺为超声破碎和高压匀浆；高压匀浆仪价格昂贵，而且仪器出故障的概率高，维修费用高。超声破碎的方法缺点很多，比如由于超声会产生持续的热量，这样会降低蛋白的活性，还破坏蛋白的结构，造成蛋白量的损失。还有就是超声破碎对体积有要求，体积不能过大，体积过大，超声时间越长，产生的热量也会增加，对蛋白影响会更严重，
非接触超声波DNA打断仪就非常适合处理高通量样品，同时低温控制超声热量对样品的影响，消除了样品交叉污染的危险；能隔着离心管能打断染色体、破碎细胞。
实验研究方向：96孔板，大肠杆菌蛋白提取实验
非接触超声波DNA打断仪的实验步骤：
1. 准备96孔PCR板预制好大肠杆菌密封；
2. 启动仪器，设置仪器的超声总时间，超声时间，停留时间
3. 显微镜镜检破碎效果，如图
大肠杆菌破碎前后的实验效果图：
实验解决的问题：
1. 仪器多通道相对于手工单通道超声工作时更省力方便，实验更安全；
2. 控温制冷对样品保护好，提取出的成分在数量和质量上比手工超声均质效果更好；
3. 不会出现交叉感染，实验更省心
昆山小美超声非接触聚能超声波DNA打断仪针对大肠杆菌蛋白提取中的传统痛点，以96孔板高通量形式实现多通道同步处理，解决了手工超声体积受限、产热导致蛋白活性下降及结构破坏等问题。超声波打断仪设备还配备了低温控制系统，可在超声过程中有效抑制热量累积，同时杜绝样品间交叉污染。
根据实验表明，经30分钟的程序超声后，大肠杆菌破碎效果良好，提取蛋白在数量与质量上均优于传统方式，为疏水性蛋白等难处理样品提供了更安全、高效的前处理方案。
