现在的高通量测序平台(主要是illumina)在直接测序时只能测出200bp长度的序列,因此建库方案是将DNA片段化为200bp,然后深度测序后,最后将序列拼接。我公司自主研发的非接触聚能式超声波DNA打断仪可以在不接触样品的情况下隔着EP管将细胞DNA链至打断至200bp或是更小。

实验目的: 将收集的细胞DNA片段化
实验样品: 鼠源乳腺癌4T1细胞
实验仪器:非接触聚能式超声波DNA打断仪
打断条件:低温4度,打断20s,间隔3s
实验步骤:
1. 取1皿细胞(10 cm平皿),加入37%甲醛,使得甲醛的终浓度为1%。
2. 37℃孵育10 min。
3. 终止交联:加甘氨酸至终浓度为0.125 M。450 ul 2.5 M甘氨酸于平皿中。混匀后,在室温下放置5 min即可。
4. 弃培养基,用冰冷的PBS清洗细胞2次。
5. 细胞刮刀收集细胞于15 ml离心管中(PBS依次为5 ml,3 ml和3 ml)。预冷后2 000 rpm 5 min收集细胞。
6. 倒去上清。按照细胞量,加入一定体积的SDS Lysis Buffer。再加入蛋白酶抑制剂复合物。
7.将低温循环水槽开启降温至0℃
8.将程序调制循环模式,超声20秒停3秒,总时间设置40分钟
9.启动机器至超声结束
10.加解交联试剂65℃过夜解交联
11.将超声过的样品提DNA片段
12.1.5%琼脂糖凝胶电泳
13.拍照
超声后提取DNA跑焦后的效果图:
