非接触聚能式超声波DNA打断仪XM-26A做细胞DNA片段化实验

  现在的高通量测序平台(主要是illumina)在直接测序时只能测出200bp长度的序列,因此建库方案是将DNA片段化为200bp,然后深度测序后,最后将序列拼接。我公司自主研发的非接触聚能式超声波DNA打断仪可以在不接触样品的情况下隔着EP管将细胞DNA链至打断至200bp或是更小。

  实验目的: 将收集的细胞DNA片段化

  实验样品: 鼠源乳腺癌4T1细胞

  实验仪器:非接触聚能式超声波DNA打断仪

  打断条件:低温4度,打断20s,间隔3s

  实验步骤:

  1. 取1皿细胞(10 cm平皿),加入37%甲醛,使得甲醛的终浓度为1%。

  2. 37℃孵育10 min。

  3. 终止交联:加甘氨酸至终浓度为0.125 M。450 ul 2.5 M甘氨酸于平皿中。混匀后,在室温下放置5 min即可。

  4. 弃培养基,用冰冷的PBS清洗细胞2次。

  5. 细胞刮刀收集细胞于15 ml离心管中(PBS依次为5 ml,3 ml和3 ml)。预冷后2 000 rpm 5 min收集细胞。

  6. 倒去上清。按照细胞量,加入一定体积的SDS Lysis Buffer。再加入蛋白酶抑制剂复合物。

  7.将低温循环水槽开启降温至0℃

  8.将程序调制循环模式,超声20秒停3秒,总时间设置40分钟

  9.启动机器至超声结束

  10.加解交联试剂65℃过夜解交联

  11.将超声过的样品提DNA片段

  12.1.5%琼脂糖凝胶电泳

  13.拍照

  超声后提取DNA跑焦后的效果图

小美非接触超声波DNA打断仪实现全血基因组的高效打断|测试报告
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